개인기업의 사업장 주소지를 신설되는 법인의 본점주소지로 하여 법인을 설립한다.
개인기업의 법인전환을 위한 법인설립절차도 일반적인 주식회사 설립절차와 마찬가지로 상법의 규정에 따라 주주 및 자본을 확정한 다음 이사와 감사를 선임하여 회사의 기관을 구성하는 회사실체 구성절차를 거쳐 본점소재지 관할 지방법원(또는 상업등기소)에 회사설립등기를 하면 된다.

그런데 개인기업을 주식회사 형태의 법인으로 전환할 때는 다음 사항에 유의하여야 한다.

① 상호 결정

개인기업이 쓰고 있는 상호가 타인이 이미 등기한 상호인지 여부는 대법원 홈페이지「인터넷등기소」(www.iros.go.kr)에서 상호검색을 하면 쉽게 조회할 수 있다.
그러나 대법원 홈페이지에서는 상호의 문자만을 검색하여 주기 때문에 동종업종 여부나 유사상호 여부를 판단하기는 어렵다.
그래서 실무적으로는 1차적으로 대법원 홈페이지에서 상호검색을 해서 중복되지 않는 상호를 선택한 다음 등기소를 직접 방문하여 상호검색 신청을 하고 등기관으로부터 등기가능 여부를 확인 받고 있다.

개인기업의 법인전환으로 신설되는 법인의 설립등기가 완료되면 회사는 본점소재지 관할세무서에 사업자등록을 신청해서 법인사업자로 사업자등록증을 교부받는다.
관할세무서에 사업자등록을 신청할 때는 「법인설립신고 및 사업자등록신청서」(소정양식)에 법인등기부등본, 정관, 주주명부, 사업장임대차계약서 등을 첨부하여 관할세무서에 제출하면 된다.

법인설립등기가 끝나고 관할세무서로부터 사업자등록증을 교부받으면 일정한 날짜(법인전환기준일)을 정하여 개인기업에 대하여 결산을 진행하고 자산과 부채의 가액을 확정하여야 한다,
개인기업 결산은 개인기업의 재산을 법인에게 양도할 때 양수도가액을 산정하는 기초가액이 될 뿐만 아니라 개인기업의 폐업신고 후 개인사업주의 사업소득에 대한 종합소득세를 신고할 때 기초자료가 된다는 점에서 중요한 의미를 갖는다.

개인기업의 결산을 완료해서 자산 및 부채의 가액이 확정되면 신설된 법인과 개인사업주간에 사업에 대한 양수도계약을 체결한다.
법인과 개인사업주간에 사업에 대한 양수도계약을 체결할 때는 다음 사항에 유의해야 한다.

① 포괄적 양수도계약과 개별적 양수도계약

한편 개별적인 사업양수도는 개업한지 얼마 되지 않은 개인기업이나 사업규모가 작은 개인기업이 법인으로 전환할 때 또는 개인기업의 자산이나 부채를 선별적으로 신설되는 법인에게 이전시키고자 하는 경우에 많이 이용된다.
예를 들어 종업원도 별로 없고 집기, 비품 등 몇 개의 자산만 있는 개인기업은 개별적 사업양수도방식으로  법인전환하는 것이 간편할 수 있으며, 사업의 동일성이 유지되는 것을 해치지 않는 범위 내에서 자산이나 부채를 선별적으로 양수도하고자 할 때에도 개별적인 사업양수도방식의 법인전환이 이용된다.

한편 개별적인 사업양수도방식으로 개인기업이 가지고 있던 자산이나 권리를 신설되는 법인에게 양도할 때는 그 양도되는 자산이나 권리가 부가가치세 과세사업에 쓰이던 것인 경우 그 양도대가에 대해서 부가가치세가 과세되므로 개인기업의 사업주는 양수받는 신설법인으로부터 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부해주어야 하므로 이점 유의하여야 한다.

부당행위계산부인이란 세법상 특수관계자와의 거래에 있어서 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 자산을 시가보다 과대 또는 과소평가하여 양도ㆍ양수하는 경우 그 거래를 부인하여 소득을 재계산한 다음 해당자에게 세금을 추징하는 것을 말한다.

그런데 개인기업의 법인전환시 사업양수도거래는 세법상 특수관계자간의 거래에 해당된다. 그러므로 개인기업의 법인전환시 자산의 양수도가액을 결정할 때는 감정기관의 감정을 받거나 제3자와의 거래시 이루어질 수 있는 객관적인 거래금액을 중고시장 등으로부터 확보해서 가능하면 세무상 마찰이 없도록 시가상당액으로 양수도가액을 결정하여야 할 것이다.

적법한 절차에 따라 개인기업과 법인간에 사업양수도계약이 체결되면 그 계약서에 정해 놓은 기일에 양수도대금을 청산한다. 신설된 법인이 사업양수도 대금을 개인사업주에게 지급할 때는 법인의 자본금으로 불입된 돈을 인출하여 결제하면 되고 양수도대금에 비하여 자본금이 부족할 때는 법인장부에 미지급금으로 형태로 계정처리하거나 미지급금을 가수금으로 대체해 두어도 될 것이다.

아울러서 법인이 인수한 자산과 부채 중 명의이전을 요하는 경우에는 거래관행과 관계법령에 따라 법인으로 명의를 이전하여야 한다.
법인으로 명의이전을 요하는 사항으로는 사업장 임대차계약의 계약 당사자, 자동차 및 건설기계 등의 등록자 명의, 금융기관에 대한 예금 및 차입금의 예금주와 차주의 명의, 거래처에 대한 채권ㆍ채무의 명의, 조합이나 협회 등의 가입자 명의 등이 있다.

개인기업이 법인으로 전환되면 개인기업의 사업주는 법인전환일을 폐업일로 하여 지체 없이 개인기업의 사업장 소재지 관할세무서에 개인사업 폐업신고를 하여야 한다.
폐업신고를 할 때는 「폐업신고서」(소정양식)에 폐업사유를 법인전환이라고 기재하고 사업자등록증 원본을 첨부하여 세무서에 제출하면 된다.

개인기업이 폐업신고를 하면 개인사업주는 폐업일로부터 25일 이내에 폐업일이 속하는 부가가치세 과세기간 개시일로부터 폐업일까지 그 기간 동안의 사업실적에 대하여 부가가치세 확정신고ㆍ납부를 하여야 한다.

이때 부가가치세 신고대상이 되는 과세거래에는 포괄적인 사업양수도계약에 의한 사업양도대가는 포함되지 않으므로 포괄적인 사업양수도계약에 의한 사업양수도방식으로 법인전환한 경우에는 이를 입증하기 위하여 부가가치세 확정신고시 「사업양도신고서」(소정양식)를 관할세무서에 제출하여야 한다.

그러나 개별적인 사업양수도방식에 의하여 개인기업의 자산을 법인에게 양도한 경우 그 양도거래는 부가가치세 과세거래에 해당된다. 따라서 개인기업이 지급받는 양도대가에 대해서는 개인기업의 사업주가 법인으로부터 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부해주어야 하며, 그 양도대가를 부가가치세 과세표준에 포함하여 부가가치세 신고를 하고 거래징수한 부가가치세를 납부해야 한다.
이 경우 개별적으로 자산을 양도받은 법인 입장에서는 자산양수대가로 개인사업주에게 지불한 부가가치세 상당액은 부가가치세 신고시 개인기업으로부터 받은 세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제받으므로 폐업하는 개인기업과 신설되는 법인기업 전체 입장에서 볼 때 부가가치세로 인한 실질적인 자금부담은 생기지 않는다.

사업을 양수받은 신설법인은 사업개시일로부터 사업연도 종료일까지의 기간에 대하여 사업연도 종료일로부터 3월 이내에 법인의 본점소재지를 관할하는 세무서에 법인세를 신고ㆍ납부하여야 한다. 신설된 법인의 정관상 정해진 사업연도 종료일이 12월 말이라면 다음 해 3월 말까지 법인세를 신고ㆍ납부하는 것이다.

한편 폐업하는 개인기업의 사업주는 1월 1일부터 폐업일까지의 사업소득에 대하여 다음 해 5월 중에 개인사업주의 주소지 관할세무서에 종합소득세를 신고ㆍ납부하면 된다.